„Epidemiologija je nauka o epidemijama zaraznih bolesti i nezaraznih oboljenja, koja se bavi proučavanjem kretanja masovnih oboljenja, uslova pod kojima se ona pojavljuju, šire i nastaju, a sve radi njihovog sprečavanja i suzbijanja.“

Kontinuirano provodi posebne mjere za sprječavanje i suzbijanje zaraznih bolesti (Zakon o zaštiti stanovništva od zaraznih bolesti "Sl.novine FBiH", 29/05), prati provođenje općih mjera i spremna je za provođenje ostalih mjera u iznimnim situacijama.

Posebne mjere za sprječavanje zaraznih bolesti u skladu sa Zakonom sastoje se od: ranog otkrivanja izvora i puteva širenja zaraze prema prijavama zaraznih bolesti iz ambulanti opće medicine, bolnica i laboratorija. Kontinuirano prati kretanje zaraznih bolesti, te iste prijavljuje Federalnom zavodu za javno zdravstvo.

U slučaju sumnje na epidemiju neke zarazne bolesti provode se sve radnje u cilju otkrivanja izvora zaraze (epidemiološki uvid, ankete oboljelih i njihovih kontakata, uzorkovanja humanog materijala za mikrobiološke analize, kao i stručno-metodološka pomoć za vrijeme sumnje na epidemiju, odnosno tijekom epidemije).

U slučaju sumnje na epidemiju šalje se prijava Federalnom zavodu za javno zdravstvo. Kada postoji sumnja na povezanosti sa drugim područjima uspostavlja se suradnja s drugim zavodima za javno zdravstvo.

U Službi se vode registri oboljelih od određenih zaraznih bolesti uz obradu kontakata.

U Službi se provodi nadzor nad:

• zaposlenima u prometu i proizvodnji namirnica, zaposlenima u zdravstvu, prosvjeti, osobama koje rade na pružanju njege (frizeri, pedikeri, kozmetičari...);
• provođenjem obveznih imunizacija (kontinuirano i na kraju godine uz intervencije u situacijama kada procijepljenost nije sa zakonski traženim obuhvatom), provodi plan imunizacija za Kanton, izrađuje plan potreba za cjepivom za Kanton (obvezne/neobvezne imunizacije), vrši podjelu cjepiva liječnicima koji provode cijepljenja. Provodi neobavezne imunizacije (protiv: bjesnoće, gripe, žute groznice, difterije, tetanusa, krpeljnog meningoencefalitisa, poliomijelitisa, meningokoka, trbušnog tifusa, pneumokoka, hepatitisa A i B, vodenih kozica, rubeole, ospica, zaušnjaka).

U antirabičnoj ambulanti obrađuju se pacijenti ugriženi od toplokrvnih životinja u cilju prevencije bjesnoće (uz pripravnost epidemiologa).
Pored toga Služba organizira i provodi zdravstveni odgoj (organiziranje tečaja higijenskog minimuma, druga predavanja i radionice). Služba radi na izradi programa DDD mjera za pojedine općine i gradove u kantonu, uz stručni nadzor nad njihovim provođenjem.

Na području epidemiologije nezaraznih bolesti prati se kretanje malignih neoplazmi (incidencija, mortalitet, preživljenje). Radi se na pripremi projekata ranog otkrivanja preventabilnih sijela raka, sudjeluje se u stručnim i znanstvenim istraživanjima, te se pripremaju i obrađuju epidemiološki podaci za godišnju publikaciju Zavoda.